Po terénních exkurzích absolvuje každá třída zapojená do projektu Vodní škola vnitřní výukové programy na téma voda. 6. třídy si ve výukovém programu „Voda a svět aneb Velká objevná plavba“ zahrají na mořeplavce objevující různé světadíly a jejich problémy s vodou. Letos jsme nově zařadili i obrovský problém s plasty v oceánech. 7. Třídy si v programu „Voda a krajina anebo povodně a sucha, jak na ně?“ poví, jak zmírnit následky povodní a jaké krajinné prvky jsou vhodné pro to, aby nedocházelo k bleskovým podvodním či velkým suchům. 8. třídy v programu „Voda a město aneb Vodní architekti“ okusí, jaké prvky ve městě pomáhají zadržet a lépe hospodařit s dešťovou vodou, aby se mikroklima měst alespoň trochu vylepšilo. Deváťáci se v programu „Voda a domácnost aneb Počítáme s vodou“ naučí, jak šetřit vodou v domácnosti, jaké zdroje vody v domácnosti využít nebo jak vyřešit problém odpadních vod ve vlastním domě. Projekt je podpořen Hlavním městem Prahou a MČ Praha 12.